增强了通信的功能，其内置的编程口可以达到115.2kbps的高速通信，而且最多可以同时使用3个通信口（包括编程口在内）。
新增了高速输入输出适配器，模拟量输入输出适配器和温度输入适配器，这些适配器不占用系统点数，使用方便，在FX3U的左侧最多可以连接10台特殊适配器。 其中通过使用高速输入适配器可以实现最多8路、200kHz的高速计数。通过使用高速输出适配器可以实现最多4轴、200kHz的定位控制，继电器输出型的基本单元上也可以通过连接该适配器进行定位控制。
一、PLC主体的脉冲输出由两个增加到三个。三菱小型可编程控制器FX系列（FX3U之前产品：FX1S/FX1N/FX2N）主体脉冲输出功能为Y0、Y1两个（其中FX1S/FX1N为100KHz，FX2N为20KHz），最新产品FX3U在此项功能方面增加到三个，分别为Y0、Y1、Y2，频率为100KHz。 
二、定位指令增加。FX3U除之前的FX系列的定位指令ABS/ZRN/PLSV/DRVI/DRVA等指令外，还增加了DSZR（带DOG搜索的原点回归），DVIT（中断定位），TBL（表格定位）。 
三、可扩展高速脉冲输出模块。FX3U-2HSY-ADP用于定位FX3U可在其主体左侧扩展为200KHz的脉冲输出模块FX3U-2HSY-ADP，用于连接差动输入型的的伺服电机，最多可扩展2个模块，4个独立轴。 
四、可扩展定位模块。FX3U-20SSC-H模块用于定位此模块用三菱专用SSCNET总线连接，需连接三菱伺服MR-J3B型伺服，可进行2轴插补，用专用软件FX-Configurator-FP进行伺服参数设置及定位设定。 
五、可连接FX系列之前的定位模块。FX之前的特殊模块FX2N-1PG-E/FX2N10PG/FX-10GM/FX-20GM等模块可以和FX3U一起使用。  
FX3U - 特点
基本性能大幅提升：
CPU处理速度达到了0.065us/基本指令。
内置了高达64K步的大容量RAM存储器。
大幅增加了内部软元件的数量。
强化了指令的功能，提供了多达209条应用指令，包括像与三菱变频器通讯的指令，CRC计算指令，产生随机数指令等等。
集成业界领先的功能：
强化了指令的功能，提供了多达209条应用指令，包括像与三菱变频器通讯的指令，CRC计算指令，产生随机数指令等等。
集成业界领先的功能。
强大的扩展性：