氮肥是运用滴灌体系施用最多的肥料。氮肥一般水溶性好，十分简略跟着灌溉水滴入土壤而施入到作物根区。但假定操控不当，也很简略发生淋洗丢失。由于滴灌流量小（单滴头：4-8升/小时），操控淋洗损头十分简略做到。假定灌溉，上肥均实施自动操控，则淋洗损头可完全防止。 

在所有氮肥中，尿素及硝酸胺最适合于滴灌上肥。由于施用这两种肥料的阻塞危险最小，氨水一般不举荐滴灌上肥，由于氨水会增加水的PH值。PH值的增加会致使钙、镁、磷在灌溉水中堆积，阻塞滴头。硫酸胺及硝酸钙是水溶性的，但也有阻塞危险。 

假定接连施氮，灌溉体系停泵后，灌溉体系中水中仍长期会有氮，这时，氮的存在会滋养微生物在体系中成长，毕竟阻塞滴头。