生产工艺不合理、设施不完善，也是造成微生物超标的主要因素之一。采用水源不同，生产不同类型的纯净水的工艺流程不同，一般原则是在达到纯化的前提下，流程越简单越好，流程越短越容易控制产品的卫生质量。纯净水的工艺流程基本为水源→过滤→纯化处理→臭氧混合消毒→灌装→检验→入库。这种工艺的优点是灌装纯净水中仍余留臭氧，如果从瓶或盖和灌装间的空气中带入少量的微生物也可达到杀灭的目的，保持产品无菌。

理化指标中较重要的是电导率消耗量。电导率是纯净水的特征性指标，反映的是纯净水的纯净程度以及生产工艺的控制好坏。由于生活饮用水不经过去离子纯化的过程，因此是不考察此项指标的。而对于纯净水来说“纯净”是其最基本的要求，金属元素和微生物过高，都会导致电导率偏高。所以，电导率越小的水越纯净。感观指标包括色度、浊度、臭味、肉眼可见物。
正规水厂出产的矿泉水和纯净水中一般不含防腐物质。国家标准方法（GB8537—2008）对饮用矿泉水的感官性状、多重离子含量指标、化学性污染物含量指标和微生物学指标有规定，并未对水中防腐剂含量做出规定。瓶装水没有必要添加防腐剂，在盛水容器密封的情况下，外界的空气和微生物不可能进入容器内部。水开封的情况下，空气和微生物都与水发生接触，利于微生物的生长。因此，在开封的情况下，纯净水和矿泉水的保质期在15天左右。