生产工艺不合理、设施不完善，也是造成微生物超标的主要因素之一。采用水源不同，生产不同类型的纯净水的工艺流程不同，一般原则是在达到纯化的前提下，流程越简单越好，流程越短越容易控制产品的卫生质量。纯净水的工艺流程基本为水源→过滤→纯化处理→臭氧混合消毒→灌装→检验→入库。这种工艺的优点是灌装纯净水中仍余留臭氧，如果从瓶或盖和灌装间的空气中带入少量的微生物也可达到杀灭的目的，保持产品无菌。

水是维持生命的必需，一些健康专家建议至少八杯，但并无确切的规定，水的需求量因人而异，这取决于主体的条件下，适量的体育锻炼，和对环境的温度和湿度。人每天的水的来源包括饮用水、饮料、水和食物中的水。饮用水对矿质营养的摄入也不清楚。一般而言无机矿物进入地表水和地下水通过雨水径流或通过地壳，使水中包括钙，锌，锰，磷，氟和钠的化合物。从水产生的营养物质提供了一些节肢动物和沙漠动物的日常用水需求的一个重要部分，但只提供一小部分的人的必要的摄入量，因此并无科学依据不能长期饮用纯净水。
一般情况下纯净水在生产过程中，纯净水源水只有50%-75%被利用，也就是说，1公斤自来水或地下水大约只能生产出0.4公斤左右的纯净水，而剩下的0.6公斤左右的水不能当作饮用水，只能另作它用。反渗透技术是将原水经过精细过滤器、颗粒活性碳过滤器、活性碳过滤器等,再通过泵加压,利用孔径为1/10000μm(相当于大肠杆菌大小的1/6000,病毒的1/300)的反渗透膜(RO膜),使较高浓度的水变为低浓度水,同时将工业污染物、重金属、病毒等大量混入水中的杂质全部隔离，从而达到饮用规定的理化指标及卫生标准。反渗透设备应用膜分离技术，能有效地去除水中的带电离子、无机物、胶体微粒及有机物质等。