我国矿泉水和纯净水多使用紫外线、超滤和臭氧作为抑菌菌和消毒和杀菌设施。但多年的经验证明前两种可靠性差，是造成产品不合格的主要因素，而采用臭氧杀菌被认为是目前较好的方法。定期加强对生产全程的管道，容器和过滤器等有关设施的清理和消毒，做好瓶、盖和灌装间的消毒工作。据了解多数厂家的管道和包装物的消毒采用二氧化氯(ClO2)，该药物具有很强的氧化和消毒作用，但要加强对药物的质量监控，保证其消毒效果。

一般情况下纯净水在生产过程中，纯净水源水只有50%-75%被利用，也就是说，1公斤自来水或地下水大约只能生产出0.4公斤左右的纯净水，而剩下的0.6公斤左右的水不能当作饮用水，只能另作它用。反渗透技术是将原水经过精细过滤器、颗粒活性碳过滤器、活性碳过滤器等,再通过泵加压,利用孔径为1/10000μm(相当于大肠杆菌大小的1/6000,病毒的1/300)的反渗透膜(RO膜),使较高浓度的水变为低浓度水,同时将工业污染物、重金属、病毒等大量混入水中的杂质全部隔离，从而达到饮用规定的理化指标及卫生标准。反渗透设备应用膜分离技术，能有效地去除水中的带电离子、无机物、胶体微粒及有机物质等。
加强自身卫生管理，强化食品卫生质量意识，找一名领导负责卫生工作，设立专职卫生检验机构，加强对水源、包装物、灌装间空气和产品检测，制订从水源管理、杀菌、灌装、包装到个人卫生各环节的卫生管理制度，并找专人监督实施，加强食品卫生知识的培训学习，重点掌握消毒方法和明确微生物容易污染关键环节。根据水源的特点，合理、科学地设计生产流程，配备必要的水处理和生产设备，选择符合水消毒的灭菌系统。