生产工艺不合理、设施不完善，也是造成微生物超标的主要因素之一。采用水源不同，生产不同类型的纯净水的工艺流程不同，一般原则是在达到纯化的前提下，流程越简单越好，流程越短越容易控制产品的卫生质量。纯净水的工艺流程基本为水源→过滤→纯化处理→臭氧混合消毒→灌装→检验→入库。这种工艺的优点是灌装纯净水中仍余留臭氧，如果从瓶或盖和灌装间的空气中带入少量的微生物也可达到杀灭的目的，保持产品无菌。

饮用纯净水是指对自来水深度处理后彻底去除了污染物，改善了感官指标，同时也基本去除了人体必需的微量元素和矿物质，可直接饮用的水。矿泉水不属于饮用纯净水的范畴，国家对饮用纯净水和矿物质水有不同的国家标准。另随着过滤技术的日益提高，通过开水器和家用净水器所过滤自来水产出的水质也可逐渐达到一般饮用纯净水的标准范畴，在欧洲许多发达国家与本国国情不同，自来水的水质净化是可以达到一般饮用水净化的标准的，甚至可以直接饮用。
体内含有过多矿物质的水会给人体造成不必要的负担，而且有的矿物质人体不一定能吸收，如果长期积聚体内，会直接影响人体健康。纯净水短时间内能够帮助排泄人体内的废物，长期饮用时可能会导致体内铅的含量超标。因为钙和铅在人体中是竞争关系，一方增多，另一方就会减少，反之，一方减少，另一方就会增多，纯净水中没有钙，人体就会吸收大量的铅，从而导致人体内含铅量超标。