有机肥为土壤提供了大量有机养分和活性物质如氨基酸、DNA、RNA、胡敏酸、糖类以及核酸的降解产物均可供作物直接吸收并刺激根系生长。其中有机肥含有大量微生物能加速土壤中有机态养分的分解和循环。
有机肥可提高土壤有机质改良土壤理化性质。增施有机肥有机肥和化肥相结合不断提高土壤有机质含量是提高土壤肥力的主要环节。有机质能够增加土壤的通气性、透水性、蓄水性以及改善根系生长环境使土壤保水保肥能力增强
施用有机肥可以减少化肥的使用量从而减少化肥对环境不利影响。另外施入有机肥可提高有机质含量增强土壤对重金属和农药的吸附减少其危害。有机肥的生产过程也是解决城乡有机废弃物的资源化处理变废为宝的过程。
大量施用化学肥料或养分配比不当均会导致农产品品质下降而有机肥和化肥配合施用可提高作物的蛋白质、氨基酸的含量同时也使蔬菜当中的硝酸盐含量下降维生素C含量上升。植物体内的氨基酸的含量增加有助于植物的抗旱从而增强植物的抗逆性和抗病虫害能力。