动物防疫许可证的办理流程主要包括以下步骤：

提出申请：当事人需要带齐相关证明材料，到县级以上地方人民政府兽医主管部门或者当地的动物卫生监督所提出申请。在申请时，需要提交《动物防疫条件合格申请表》以及场所地理位置示意图、各功能区布局平面图和管理制度文本等必要的申请材料。
进行审查：受理申请的兽医主管部门或动物卫生监督所会按照行政许可法进行审查，包括对申请材料的完整性和符合性进行核查。如果需要进行现场检查，工作人员会前往现场进行查勘。
发放合格证：如果经审查合格，会发给动物防疫条件合格证。如果审查不合格，会通知申请人并说明理由。
申请工商登记（如需要）：如果需要办理工商登记，申请人可以凭动物防疫条件合格证，向工商行政管理部门申请登记注册。
在申请动物防疫许可证时，需要提交的具体材料可能包括：

申请人填写的《动物防疫许可证》申请表。
法人代表证明或业主身份证复印件。
饲养场所在地用地证明复印件或经营加工场所的房产证明或承租协议复印件。
从业人员的资格证书复印件，包括畜牧兽医专业毕业Z或结业证原件和复印件、身份证原件及复印件等。
防治人员畜牧兽医专业毕业Z或结业证原件和复印件每人1份，身份证原件及复印件每人1份。
有关动物防疫制度书面材料。

国家和省规定的其它证明材料。

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