乌干达棉花进口到中国的清关流程主要包括以下几个步骤：

1.签订代理合同，单证预审：在进口棉花之前，需要与代理公司签订合同并进行单证预审。
2到港报关，交关税后海关放行：货物到达中国港口后，需要向海关申报并交纳相应的税款，海关审核无误后放行。
3.商检验货：商检部门会对货物进行查验，以确保货物的质量和安全。
4.安排入库，商检取样：将货物安排入库，并由商检部门取样。
5.送样检测：将取样的货物送到实验室进行检测，以确保货物符合中国的标准。
6.检测合格，出具卫生证,放行出库：如果检测合格，相关部门会出具卫生证书，之后货物可以出库并在市场上销售。
7.安排陆运，派送上门：最后，安排陆运并将货物派送到地点。

进口棉花所需的主要单证资料包括：装箱单、合同、FAPIAO、原产地证、植检证、报关报检委托书、卫生证、进出口经营权以及棉花供应商在华注册登记备案号。