二手发电机的清关流程主要包括以下几个步骤：

1. 准备进口许可证：对于二手发电机这类旧机电产品，进口单位需要办理重点旧机电进口许可证。这通常包括网上填报《申请表》，送交申请资料到市机电办，由市机电办核实书面材料并网上转报商务部，然后将盖章的申请表及其他书面材料递交到相关部门进行审批。

2. 安排运输和报关：一旦获得进口许可证，就可以开始安排发电机的运输。以整柜为主，运输方式通常选择海运。货物到达港口后，需要向海关提交必要的报关文件和资料，如提单、、装箱单、合同等。

3. 海关查验：海关会对进口的二手发电机进行查验，以确保其符合进口标准和规定。在查验过程中，海关人员可能会要求打开货柜进行检查，并核对货物的数量、规格等信息。

4. 商检抽样化验：对于需要商检的二手发电机，海关会将其送至的商检机构进行抽样化验。商检机构会对发电机的质量、安全等方面进行检测，以确保其符合中国的相关标准和规定。

5. 缴纳税费：根据海关的核算结果，进口单位需要缴纳相应的税费，包括关税、等。

6. 提货配送：在海关查验和商检合格后，进口单位可以前往海关的仓库提货，并安排后续的配送工作。

需要注意的是，具体的清关流程可能会因地区、产品类型等因素而有所不同。因此，在进口二手发电机之前，建议咨询专业的报关公司或物流公司，以确保整个清关过程顺利无阻。