申办非金属矿及原料设备设计乙级资质过程中可能遇到的难点问题及其克服办法包括：

1. **人员配备难题**：
   - **问题描述**：资质标准对专业技术人员的数量、职称、注册资格等有明确要求，企业可能难以短时间内找到并招聘到符合条件的人员。
   - **解决办法**：企业可通过内部培训、外部引进等方式提升现有员工的资质水平，并加大招聘力度，提前布局，确保人员配置符合标准要求。

2. **业绩积累不足**：
   - **问题描述**：初次申办或刚涉足非金属矿行业的企业可能缺乏符合资质要求的工程设计业绩。
   - **解决办法**：积极参与相关项目，积累实际设计经验，确保项目成果被有效记录并形成规范的申报材料。也可以通过与其他有资质的企业合作，共同完成项目设计，以此累积业绩。

3. **质量管理体系不健全**：
   - **问题描述**：企业可能尚未建立完善的质量管理体系，无法提供有效运行的质量管理证明。
   - **解决办法**：参照GB/T 19001等国际质量管理体系标准，建立并实施适合自身特点的质量管理体系，并通过第三方认证，提供内审、管理评审等记录证明体系运行有效。

4. **申报材料准备复杂**：
   - **问题描述**：申报材料繁多，要求严格，容易出现疏漏或不规范之处。
   - **解决办法**：提前了解并熟读申报指南，制定详细的材料清单和时间计划，确保每项材料准确无误。必要时可寻求专业咨询服务帮助准备和审核申报材料。

5. **政策法规理解不清**：
   - **问题描述**：资质申报政策法规时常更新，企业可能对最新的标准和要求不甚了解。
   - **解决办法**：密切关注住房和城乡建设部等部门发布的最新政策法规，及时参加相关培训或研讨会，向专业人士咨询，确保遵循最新要求。

6. **审批流程不明晰**：
   - **问题描述**：资质审批流程可能涉及多个环节，企业对具体流程不够熟悉。
   - **解决办法**：主动联系资质审批部门，了解完整的审批流程和时间节点，确保按照正确的流程操作，并及时提交和补充所需材料。

7. **财务状况审核**：
   - **问题描述**：企业可能面临财务状况审核不达标的问题。
   - **解决办法**：确保企业财务状况健康，盈利稳定，符合资质申请的净资产要求，并及时提供经审计的财务报告。

总之，面对非金属矿及原料设备设计乙级资质申办过程中的难点问题，企业应采取积极的态度，通过提前规划、人员培训、制度建设、多方沟通和及时跟进等多种方式，逐步解决这些问题，提高资质申请的成功率。