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利用微生物加工和调制饲料具有物理和化学方法所不可替代的优势，这是由微生物本身的特点所决定的，归纳起来，微生物发酵饲料具有以下的五大优势。

一、原料来源广泛
        据统计：目前已发现的微生物种类多达10万种以上，而且不同种的微生物具有不同的代谢方式，能够分解各种各样的有机物质，因此利用微生物发酵生产饲料具有原料来源广泛的特点。
        能够用来生产微生物饲料的废弃物包括：工、农、林、水、渔等产业的各种有机废水、废渣、甚至城市垃圾和粪便；矿物质资源包括：石油、天然气、及由它们衍生出的副产物甲醇、乙醇、醋酸、甲烷等；纤维素资源包括：各种农作物秸杆、糠稗、木屑、蔗渣、薯渣、甜菜渣等，这些都是自然界最丰富的物质；糖类资源有：甘薯、木薯、马铃薯等淀粉类物质和废糖蜜等。此外，蕴藏丰富的泥炭资源也可以作为生产微生物饲料的原料。
          同时利用微生物不同的代谢方式  可以生产：菌体蛋白、酶制剂、饲用抗生素、有机酸、氨基酸等，还可以进行秸杆微贮发酵、青贮饲料、糖化饲料、饼粕类脱毒发酵、畜禽粪便发酵除臭和作为猪饲料、动物屠宰残渣发酵饲料（血粉发酵饲料）、酵母饲料、石油蛋白饲料、微型藻类生产和光合细菌培养等。
二、常温常压发酵方式，投资极少的优势。
      微生物一般都能在常温常压下，利用简单的营养物质生长繁殖。并在生长繁殖过程中积累丰富的菌体蛋白和中间代谢产物。因些利用微生物生产和调制饲料，一般具有投资少、效能高等特点。
      同时，因为微生物个体微小，构造简单，世代时间短，对外界条件敏感，所以容易产生变异，这有利于有目的地进行诱变育种，改变菌种的生产特性和提高菌种的生产能力。
      我们可以通过物理的或化学的诱变剂对微生物进行处理，使它们的遗传性质发生变异，从而可以改变微生物的代谢途径。例如：生产味精的谷氨酸棒杆菌经过变异处理后，它的高丝氨酸营养缺陷型就可以发酵生产赖氨酸用于饲料添加剂了，而抗乙硫氨酸变异株则可以发酵生产蛋氨酸用于饲料添加剂，又例如要寻找能够强力分解纤维素的微生物菌株，对木霉进行了无数次的诱变试验，从中筛选出了比以前更好的变异菌株，应用于植物秸杆等纤维素资源的发酵，取得了很好的效果。
        国外的研究表明：通过基因工程可以将草食动物瘤胃内的消化非纤维素的细菌转变成为可消化纤维素的细菌，从而提高反刍动物消化纤维素的能力，同样的道理，利用这种“基因工程菌”作为粗饲料的发酵菌，可以调制出高营养，高消化吸收率的优良饲料来。
三、代谢旺盛，产出率高。
      由于微生物个体微小，具有极大的表面积和容积的比值。因此，它们能够在有机体与外界环境之间进行迅速的营养物质与废物交换。从单位重量来看，微生物的代谢强度比高等动物的代谢强度大几千倍到上万倍，例如，利用乳酸菌进行乳酸发酵，每个细胞产生的乳酸为其体重的1000—10000倍，所以在调制青贮饲料时，原料本身自然附着的微生物乳酸菌作为发酵菌种就足够了（当然如果当时自然界存在的杂菌比较复杂而多，则为了使乳酸菌迅速成为优势菌群，则必须添加发酵剂），从饲料发酵的角度来看，微生物代谢能力强，在短时间内能把大量的基质转化为有用产品，这也是大有好处的；从废水处理制造饲料的角度来看，能在短时间内化害为利，变废为宝，也是极为有利的。
      如液态发酵生产酵母，其繁殖速度在微生物界不算太高（二小时分裂一次），但在单罐发酵时，几乎在每12小时即可收获一次，每年可收获数百次，这是其它任何农作物所不可能达到的“复种指数”。
        又如：500公斤的肉牛，每昼夜只能从食物中“浓缩”0.5公斤重的蛋白质，而同样的酵母菌，只要以质量较次的糖液（如废糖蜜）和氨水作为主要原料，在24小时内即可以合成50000公斤的优良蛋白质，而且，微生物菌体营养丰富，其蛋白质成分包含了动物所需要的各种氨基酸，还含有多种维生素和微量元素，生物学效价高，质量大大优于植物性蛋白质饲料。
四、不受生产产地，气候条件所限制
      工业生产的单细胞蛋白SCP不需要占用大量的土地和耕地，也不受季节和气候的限制。一个年产10万吨单细胞蛋白的工厂，以酵母计，按含蛋白质45%计，一年所生产的蛋白质为4.5万吨。而一亩耕地按产大豆200公斤（蛋白含量40%计），一年产大豆蛋白80公斤，因此，一个年产10万吨单细胞蛋白的工厂所产的蛋白质相当于56万亩耕地所产蛋白质量。若将这些单细胞蛋白用于饲料生产，可养猪28万头，或养鸡390万只。

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