聚六亚甲基双胍盐酸盐PHMB在医药方面被广泛用于杀菌防腐。作为医药产品，用于隐形眼镜、滴眼液、和外科手术的消毒。由于眼睛对PHMB的耐受性较强，可以作为治疗棘阿米巴角膜炎，预防和治疗其他眼病的药剂，同时PHMB还广泛应用于化妆品、个人护理产品、纺织品、食品工业等。随着科技的发展，聚六亚甲基双胍盐酸盐又有了许多新的应用。例如用作絮凝剂，在游泳池和工业水处理中用作杀菌灭藻剂，采油注水中作杀菌剂，并可清洁除去玻璃器皿和其他硬表面上的有害物质。抗菌机理聚六亚甲基双胍盐酸盐PHMB为细胞膜活性抗菌剂，它对细菌活性的抑制效果要比对真菌的高，其抗菌机理大致为：首先PHMB为聚阳离子型化合物，会吸附在带负电荷的微生物表面，阻止其分裂繁殖；同时吸附在微生物表面的PHMB通过跨膜运输作用于细胞质中磷脂双分子层，与带负电磷酸基结合，从而改变了细胞膜的选择透过性，破坏了细胞代谢，从而杀死微生物。用途消毒杀菌剂.此杀菌剂为广谱抗菌，对革兰氏阳性菌，革兰氏阴性菌、真菌和酵母菌等均有杀伤能力；可作为杀真菌剂，常用于游泳池杀菌剂、万能清洁剂及消毒剂的产品。

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