新鲜原奶中的生物活性物质十分怕热，如果用摄氏100度的消毒方法，则原奶中的生物活性物质将被破坏，而且原奶中的维生素、蛋白质等也有损失。科学家巴斯德通过大量科学实验证明，如果原奶加工时温度超过85℃，则其中的营养物质和生物活性物质会被大量破坏，但如果低于85℃时，则其营养物质和生物活性物质被保留，并且有害菌大部分被杀灭，有些有益菌却被存留。所以，将低于85℃的牛奶消毒法称作巴氏消毒法，可以说，这是新鲜牛奶最科学、最好的加工工艺。采用巴氏灭菌法生产的鲜奶，其营养价值和保健功能与新鲜原奶基本相同。目前市场上的巴氏杀菌奶一般是经72~75℃、16秒热处理后冷却，用纸屋或塑料袋、桶包装，在0~4℃的环境中运送、销售。巴氏奶在0~4℃可保存7天。

巴氏的微生物指标是允许有部分细菌存在，只是致病菌不得检测。菌落总度小于等于3万，大肠菌小于等于90个。由于国内原料乳在实际过程中污染比较高，企业一般采取高强度灭菌。 由于巴氏杀菌奶有一定的细菌，酵母含量高，因此按照国际规定，在运输和销售过程中必须保持2～6℃的温度，保质期最长为7～12天。如果不能维持这个温度，巴氏奶中的酵母，大肠菌等会繁殖，产生毒素。