1.时间短、速度快
常规热力杀菌是通过热传导，对流或辐射方式将热量从物料表面传至内部，要达到杀菌温度，往往需要较长的时间。微波杀菌是微波能与物料中细菌等微生物直接作用，热效应与非热效应共同作用，达到快速升温目的，处理时间大大缩短。
2.低温杀菌保持营养成分
微波杀菌是微波热效应和非热效应共同作用的结果。微波的热效应主要起快速升温杀菌作用：而非热效应则使用微生物体内蛋白质和生理活性物质发生变异，而丧失活力或死亡。一般杀菌温度在75~80℃就能达到效果，此外，微波处理食品能保留更多的营养成分和色、香、味、形等风味，且有膨化效果。如常规热力处理的蔬菜保留的维生素C是46%~50%，而微波处理是60%~90%；常规加热猪肝维生素A保持率为58%，而微波加热为84%。通过微波杀菌处理的食品的保质期可延长3~8倍，不破坏原有的营养成份、色泽、口感和天然风味。
3.节约能源