保护柱的填料装填方式也很重要。目前有薄膜装填法的保护柱，使用过程很简单方便，而且可以在实验室中进行干装。但是，其最大的缺点是不经济，特别是针对中国的具体情况，一次性使用相对费用较高。另保护柱外，薄膜装填法的保护拄所装填的色谱填料有限，只能提供有限的保保护柱护作用。不过也因为所装填的色谱料较少，保护柱的长度也教短，所以对分析样品的保留时间的影响也很小。
    另一种保护柱结构其实质是缩保护柱短了的色谱分析拄，设计方式上有直连式、手紧式或整替式。整体式设计是有色谱的生产厂商直接安装在色谱分析柱上的，必须与色谱分析柱一同订货，可以非常方便地使用，但不能够被修改。直连式结构设计可在任何时候有色谱工作着来安装连接，可以与任何品牌的色谱分析柱连接使用，而且还可以根据样品的相关情况选择不同的保护柱长度。手上紧即可。另外从保护柱结构又分为是否可保护柱以更换保护柱柱芯，可以降保护柱低保护柱的使用成本。
    大多数人是根据色谱分析柱的填料选择保护柱的填料，正常情况下可以选择与分析色谱柱一样的色谱填料。但是，根据实际是分析工作，也可不必与分析色谱的填料完全相匹配。
    对于选择保护柱的原则是；在满足分析分离要求的前提条件，尽可能的选择较短的保护柱结构。尽可能选择对分离样品小一些保留性的填料。
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