农村生活污水存在以下几个问题：
①　村镇经济力量较为薄弱,农村改造污水处理设备政府对其水环境治理投入较少。此外,由于农村的水污染治理投资大、见效慢,导致其融资渠道单一,农村生活污水处理率低。
②　乡村的环境保护机构不健全,缺乏专业的环保人才。在新农村建设过程中,有关环保方面的工作通常都由村领导代为管理,由于其重经济轻环保,进而导致农村环境管理混乱,生活污水的污染问题突出。
③　生活污水的治理工艺推广困难。尽管处理农村生活污水的理论技术已经很成熟,但在实践方面基本上还处在试验阶段,没有积极推广。现行的治理方式大都套用城市污水的治理模式,未能结合农村的实际情况,治理效果也不理想。
④　外来人口对农村生活污水的处理压力加大。农村改造污水处理设备据调查,上海市农村的外来人口约占50% ,他们在对上海经济发展作出巨大贡献的同时,也严重破坏了环境。在农村,由于外来人口居住相对分散,管理较困难,农村改造污水处理设备且环境保护意识较薄弱,给村镇的管理人员带来极大不便。
污水处理方式的选择应充分考虑当地的自然、经济、社会条件，因地制宜地采用投资省、运行费用和能耗低、维护管理方便、处理效果好的污水处理工艺。
1.居住分散地地区
采用三格式化粪池分散处理生活污水的形式。农村改造污水处理设备目前我国农村很多地区采用三格式化粪池处理生活污水
农村的三格化粪池和城市的化粪池有所不同，城市的1～3＃化粪池是两格，4～9＃化粪池采用的是三格式。农村的三格式的第三格有的防渗，处理后的水直接浇洒农田；有的不打底，第三格的水直接渗入地下。
农村的厕所污水经化粪池处理后再经15cm的厚土层基本能满足国家《污水综合排放标准》中三级排放要求，但排放自然水体仍然会造成环境水体污染。因此国家和相关部门应考虑对三格式化粪池进行技术改造使其能对出水深度处理。
2.村庄内区域抱团式
可按区域设置小型污水处理装置，农村改造污水处理设备采用生化处理方法。生化处理方法是利用微生物的新陈代谢作用，对污水中的污染物进行降解、转化和稳定，使之变成无害的过程。处理费用相对低廉，运行管理较方便，处理方法一般有好氧处理和厌氧处理两种类型。
在农村区域处理中建议采用小型污水处理设备。小型的处理设备有MBR一体化处理设备、双生物膜—微絮凝过滤设备。
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