微波设备在食品业主要应用于各种小包装食品、瓶装食品、糕点、饼干、果脯、豆制品、熟食、调味品（鸡精、香精）面粉等的加热、干燥与杀菌处理。也使用于对海产品（海带、紫菜）的干燥；面包、糖、干果、蚕豆 多味豆 青豆  茶叶、烟叶、粮食制品的脱水、干燥、杀菌 熟化 防霉处理。
         微波杀菌、保鲜是微波热效应和非热效应共同作用的结果。微波的热效应主要起快速升温杀菌作用：而非热效应则使用微生物体内蛋白质和生理活性物质发生变异，而丧失活力或死亡。因此，微波杀菌温度低于常规方法，一般比较，常规方法杀菌温度要在100度以上，时间要在十几分钟至几十分钟，而微波杀菌温度仅在70至90度，时间约为几分钟。