微波食品杀菌设备在处理食品的杀菌过程中，主要有两大部分组成：一是热效应，传统的巴氏杀菌法在杀死细菌时所需要的温度为105℃，由于温度较高，对产品的口感以及营养成分都有所破坏；而微波杀菌温度只需75—85℃之间即可，这样使产品能保证它的营养成分不被破坏，而且口感也好。二是生物效应，通过微波在加热的过程中所产生的特有的生物效应，也就是说，微波所产生的微波场强能把细菌的细胞壁、细胞膜破坏掉，使细菌失去生存和繁殖的能力，从而达到有效的杀菌目的，充分延长了产品的保质期。