真空式微波干燥机主要应用于高附加值、且具有热敏性的农副产品、保健品、食品、药材、果蔬、化工原料等的脱水干燥；用于化工产品的低温浓缩、结晶水的脱除、酶制剂的干燥等；中草药的真空提取；适用于科研院校的实验室。
微波真空干燥设备在延长食品的保质期、保存食品原有的风味和营养成分、保留原料的生理活性、增强保健食品的功能性、提高农副产品的附加值等方面，微波真空干燥技术优势明显，一是可以有效地保持物料的形状、色泽、营养成分和香气不变，这些特性，对于保健品的生产尤为重要；而是可以大幅度地节约能源。物料在采用冷冻干燥方法处理时，需要补升华热。
在真空条件下，水的汽化温度低，实现了低温干燥，完好的保持了加工物料原有的色、香、味及营养成分，避免了物料中活性成分的氧化变质，制品复水性好；微波穿透至物料内部，回转系统驱动物料做回转运动，使物料受热更均匀，干燥更迅速，其运行成本远远低于冷冻干燥和红外干燥，节能降耗、卫生环保；充分利用微波的加热均匀物料内外温差小，既利用了真空干燥的特点，又解决了真空中热能传导困难的问题，大大提高了干燥的工作效率和产品质量。根据国内外资料显示，采用微波设备对物料加热，其速度和效能是常规加热方法的4~20倍