水中的浮游生物主要是浮游植物和浮游动物。
一、浮游植物
微滤机对杆状藻类、链状丝状藻类、盘状藻类的去除率是99%以上；对球状藻类、团装藻类的去除率是90%以上；对脱去胶衣的单体微囊藻去除率极低，去除率仅为35%-40%。微滤机对可能产生毒素的藻类去除效果很好，微囊藻虽然去除效果不好，但是会在后续砂滤池中被去除。
二、浮游动物
微滤机对除变形虫外的原生动物、后生动物和软体动物去除率都高达99%以上，处理效果极佳。变形虫虽因其个体极小未被去除，但是会在后续滤砂池中去除。