医院污水处理主要是消毒，即杀灭病原体。常用的方法是氯化消毒或用臭氧消毒(见水的消毒、废水氧化处理法)。医院排出的放射性废水常用贮存衰减法处理。医院常用的放射性同位素如131碘,32磷,198金，24钠等是半衰期较短的同位素，因此可以将放射性污水贮存于地下专用衰变水池内,贮存时间为10倍于半衰期,把放射性浓度降到容许排放的程度。如果放射性污水的浓度很低，水量很小，也可用稀释法处理。

磷化-喷漆是钢铁表面防护处理行之有效的常用方法。近年来，随着我国汽车、摩托车、家用电器等工业的迅速发展，磷化-喷漆工艺也相应得到了飞速发展，应用愈来愈广。而这些工艺的大量应用，势必会产生大量有害废水污染环境。从环境保护方面考虑，研究开发并大量推广应用合理的、可靠的涂装废水处理技术是当务之急。 

铁件涂装工艺流程:预脱脂-脱脂-水洗-水洗-水洗-表面调整-磷化-水洗-水洗-水洗-干燥-喷漆-烘干。

医院污水处理过程中排出的污泥按每张病床计，每天平均为0.7～1升，含水95%，含有污水中病原体总量的70～80%，必须进行消毒处理。消毒方法有加热消毒、化学药剂消毒、γ射线消毒等。加热消毒得热源通常为蒸汽、电能或生物能(高温堆肥)，有的地区可以用太阳能。或者用焚烧法处理(见污泥焚烧)。化学药剂消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性钠等。用漂白粉或液氯时,有效氯用量约为污泥量的2.5%。用碱性药剂时，污泥的pH值达到12后，保持半小时以上，效果醉好。