工业污水排放、生活污水排放和农药化肥的渗透是最主要的污染来源，这些排放的水中往往含大量的氮、磷、钾等营养元素，这些元素是造成水体富营养化的元凶，会导致水中的藻类疯狂的生长，进而影响水体内氧循环，水中的各种生物在这种生存环境下会严重缺氧，大量水生生物将会死亡，水中生物链的平衡将会被打破。同时，水中的各类污染物的存在，将会严重影响水质，造成水质的退化和衰老，水功能严重下降。

对于工厂排水系统的设计，应当贯彻不同水质的废水，特别是水质特殊的废水，分别收集的制度，以便分别处理。环境主管单位不仅对新建的还要对扩建或改建的工厂排水系统的设计进行审查，并参与验收，排水设施的运行记录应定期按规定要求报送。要使防止污染、保护环境的重要意义深入人心。人人主动减少污染。工厂主动把生产中产生的废水的处理和处置纳入生产过程。应当在厂内处理的，在厂内处理。排放城市排水系统与城市污水合并处理比较合理的，应交纳费用，纳费标准可按废水量、污染物量、或者两者兼及的原则来制订。

造成水体污染的因素是多方面的:向水体排放未经妥善处理的城市污水和工业废水;施用化肥、农药及城市地面的污染物被水冲刷而进入水体;随大气扩散的有毒物质通过重力沉降或降水过程而进入水体等。

污染水体的物质成分极为复杂，概括起来主要包括:无机无毒物、无机有毒物、有机无毒物、有机有毒物、石油类污染物、病原微生物、寄生虫、放射性污染物、热污染等。