工作时，首先接通电源，次氯酸钠发生器将普通工业用盐（每公斤0.35元左右）加入化盐装置溶解成10%左右的盐水，打开阀门让盐水通过过滤沉淀进入储盐液箱；然后启动自配水开关，设备自动勾配盐水到浓度为3.5%左右的稀盐水；再打开阀门调节好流量计，让经配兑好的盐水按设定流量通过一组阴阳极管组成的夹层式电解槽。次氯酸钠发生器最后，穷整流电流开关，同时打开冷却水阀门以冷却电解槽，次氯酸钠发生器开始工作，这样，整个设备就生产出了标准的次氯酸钠发生器液体（浓度为1%左右）。最后药液自动流入储药液箱，便于储藏备用和随时投加。
反冲洗：每班运行完毕，必须反冲洗一次，反冲洗时先打开放空阀，把结存在管道中的盐水排掉，然后打开反冲洗放空和反冲洗进水处来水阀，冲洗10分钟左右，然后把放空阀门找开排掉积水，待下次便用。
酸洗：次氯酸钠发生器累计运行250小时需酸洗一次，根据水质情况相应延长或缩短酸洗周期，酸洗时，先打开所有排空阀门，把管道中的积存盐水排掉，然后打开进酸阀门和出酸阀门，直到出酸放空管有机管流出酸水后，关闭进酸阀门，待酸水在电极管中浸泡1-2小时后再把酸水排掉，然后再反冲一次，一般稀盐酸调配浓度为10%左右。