1.在饮料、果汁等生产过程中，臭氧消毒设备产生臭氧，制成的臭氧水可用于管路、生产设备及盛装容器的浸泡和冲洗，从而达到消毒灭菌的目的。冲洗的操作方法，一是管路、设备及盛装容器表面上的细菌大量被冲淋掉；二是残留在表面上的未被冲走的细菌被臭氧杀死，非常简单省事，而且在生产中不会产生死角，还完全避免了生产中使用化学消毒剂带来的化学毒害物质排放及残留等问题。另外，利用臭氧消毒设备对生产设备的消毒灭菌技术结合膜分离工艺、无菌灌装系统等，在酿造工业中用于酱油、醋及酒类的生产，可提高产品的质量和档次。
2.在饮料用水水质处理过程中，大部分微生物已被去除，但即使是采用微滤、超滤等方法处理水时，水中的细菌物质也不能全被去除。而一般的水质处理方法更不能除尽微生物。为确保产品在保质期内合格，保证消费者的健康，在制造饮料，特别是制造碳酸饮料、以及包装后不再进行二次灭菌的果汁饮料时，必须使用臭氧消毒设备对水进行消毒处理，并要注意贮罐、管道、阀门等卫生状态，防止对水产生二次污染。
3.使用臭氧消毒设备对水消毒的目的是杀灭水中的致病菌，并使水中的细菌含量符合规定标准。常用的水消毒方法是氯消毒、紫外消毒和臭氧消毒。为了提高瓶装饮料用水的质量和延长保质期，国际瓶装水协会（IBWA）建议采用臭氧消毒设备处理。在臭氧处理前，瓶装饮料用水一般用反渗透、纳滤、超滤去除天然水中99%的有机物，降低臭氧的用量。饮料用水的工艺流程根据不同饮料用水水质来决定。
4.安装运行：臭氧消毒设备一般采用喷射投加方式，即全部或部分水流与臭氧通过喷射器混合后进入接触反应罐。连接水路和气路。保持臭氧发生器进气口与大气相通。开启水泵。调节进水阀门，调气量开关在最大位置。调节水射器旁的水压调节阀，使臭氧发生器进气口与气瓶连接，调节气瓶减压阀。接好电源线，按电源开关，调功率调节开关至最大。工作20分钟后，用水中臭氧浓度检测仪检查出水口臭氧浓度，应约为0.4mg/L。